Identification of novel mutations and sequence variation in the Zellweger syndrome spectrum of peroxisome biogenesis disorders
Notice bibliographique
Résumé
Peroxisome biogenesis disorders (PBD) are a heterogeneous group of autosomal recessive neurodegenerative disorders that affect multiple organ systems. Approximately 80% of PBD patients are classified in the Zellweger syndrome spectrum (PBD-ZSS). Mutations in the PEX1, PEX6, PEX10, PEX12, or PEX26 genes are found in approximately 90% of PBD-ZSS patients. Here, we sequenced the coding regions and splice junctions of these five genes in 58 PBD-ZSS cases previously subjected to targeted sequencing of a limited number of PEX gene exons. In our cohort, 71 unique sequence variants were identified, including 18 novel mutations predicted to disrupt protein function and 2 novel silent variants. We identified 4 patients who had two deleterious mutations in one PEX gene and a third deleterious mutation in a second PEX gene. For two such patients, we conducted cell fusion complementation analyses to identify the defective gene responsible for aberrant peroxisome assembly. Overall, we provide empirical data to estimate the relative fraction of disease-causing alleles that occur in the coding and splice junction sequences of these five PEX genes and the frequency of cases where mutations occur in multiple PEX genes. This information is beneficial for efforts aimed at establishing rapid and sensitive clinical diagnostics for PBD-ZSS patients and interpreting the results from these genetic tests.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».