Ligand Specificity of CS-35, a Monoclonal Antibody That Recognizes Mycobacterial Lipoarabinomannan: A Model System for Oligofuranoside−Protein Recognition
Notice bibliographique
Résumé
The CS-35 antibody is widely used in the characterization of glycans containing D-arabinofuranose residues, in particular polysaccharides present in the mycobacterial cell wall. A detailed understanding of the combining site of this antibody and the measurement of its binding to different ligands is of interest as this knowledge will have implications in the characterization of arabinofuranose-containing glycoconjugates that are increasingly recognized as important biological molecules. Of even greater significance is that an in-depth study of this carbohydrate-protein interaction will provide insights into the mechanisms by which oligosaccharides containing furanose rings are bound by proteins, an area that has, to date, received little attention. This system has been refractory to X-ray crystallography, and thus we report here a study of the interaction of CS-35 with its ligands using a combination of chemical synthesis, mass spectrometry, titration microcalorimetry, and NMR spectroscopy. Through these investigations we have established that the binding pocket recognizes, as a minimum epitope, a linear tetrasaccharide motif and that the residues at the reducing and non-reducing end of the oligosaccharide are essential for tight binding. The residue at the non-reducing end appears to be bound in an aliphatic pocket, whereas the rest of the tetrasaccharide interacts more strongly with aromatic amino acids.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».