Methanolysis of Nitrocefin Catalyzed by One and Two Zn<sup>2+</sup> Ions. A Simplified Model for Class B β-Lactamases
Notice bibliographique
Résumé
The methanolysis of nitrocefin (1) was investigated at 25 degrees C in anhydrous methanol as a function of [Zn(2+)] and as a model for the chemistry believed to occur in the active site of Zn(2+)(-)beta-lactamases. In the absence of metal ion, the vs rate constant profile shows a long plateau region having k(obs) = 9 x 10(-5) s(-1) between 7.5 and 12 generated after ionization of the COOH of 1 (kinetic pK(a) of 7.34) followed by attack of CH(3)O(-) with k(CH)3(O) = 1.18 M(-1) s(-1). Strong catalysis of the methanolysis is observed at all pH values between 7.95 and 11.34 in the presence of as little as 0.05-3 mM Zn(2+). Plots of the pseudo-first-order rate constant for methanolysis (k(obs)) as a function of reveal a saturation phenomenon indicative of formation of a 1:Zn(2+) complex, followed by a linear section indicative of the intervention of a second Zn(2+) ion in promoting the methanolysis of the complex. The two processes can be separated since the slope of the linear part of the plots gives the second-order rate constant (k(2)(obs)) for the second Zn process, while the intercept gives the spontaneous rate constant for methanolysis of 1:Zn(2+) (k(cat.)(obs)). A plot of log k(cat.)(obs) vs is bell-shaped, maximizing at 10, with ascending and descending domains both first order in [CH(3)O(-)]. A plot of log k(2) vs gives an ascending domain second order in [CH(3)O(-)], followed by a plateau above 9.5. The data are analyzed in terms of a one-Zn and two-Zn model in which the former involves rate-limiting attack of methoxide on a 1:Zn(2+) complex up to the maximum and a spontaneous reaction of 1:Zn(2+):(CH(3)O(-))(2), while the latter involves bimolecular attack of Zn(2+)(CH(3)O(-))(2) on both 1:Zn(2+) and 1:Zn(2+):(CH(3)O(-))(2). The relevance of these observations is discussed in terms of the currently accepted mechanism for hydrolyses of beta-lactams promoted by the Zn(2+)(-)beta-lactamases.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».