Abstract 3093: Unravelling the biology of aggressive and therapy-resistant embryonal tumors with multilayered rosettes (ETMR)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Embryonal tumor with multilayered rosettes (ETMR) is a highly aggressive embryonal CNS tumor, which predominantly affects children under the age of three to four years and is associated with a highly aggressive disease course with reported overall survival times ranging from 5-30 months. As these tumors have often been misdiagnosed as medulloblastoma or CNS-PNETs it was thought that ETMR is a very rare tumor. However, now molecular tools are available to detect ETMR and distinguish them from other brain tumors it has become clear that it is one of the most common brain tumors among infants. Amplification of a miRNA cluster at 19q13.42 and high expression of LIN28A have been identified as molecular hallmarks of ETMR, affecting 95-100% of samples tested and are considered unifying molecular diagnostic markers to detect them and distinguish from other brain tumors. Three histological variants of ETMR are known. These include embryonal tumor with abundant neuropil and true rosettes (ETANTR), ependymoblastoma (EBL), and medulloepithelioma (MEPL). A comprehensive clinical, pathological, and molecular analysis of 97 cases of these fatal brain neoplasms identified uniform molecular signatures in all tumors irrespective of histological patterns, indicating that ETANTR, EBL, and MEPL comprise a single biological entity. In particular, DNA methylation (Illumina 450k arrays) and gene expression data (Affymetrix 133plus2.0 arrays) showed that the three histological variants of ETMR are biologically indistinguishable but together highly distinct from other pediatric brain tumors. In order to better understand the biology of these highly aggressive pediatric CNS malignancies, we performed whole genome DNA sequencing of 15 tumor-normal pairs including 3 recurrences, complemented by (mi)RNA sequencing of tumor RNA. Mutations detected included mutations in TP53, CTNNB1, and mutations affecting the miRNA processing pathway. Chromothripsis was detected in several cases and in all cases affecting chromosome 19q. Finally, as DNA sequencing identified only very few somatic mutations per tumor, we next studied the epigenome of these tumors by performing whole genome bisulfite sequencing. Integrating these high throughput genomic analyses may now lead to alternative treatment strategies for these highly aggressive and therapy-resistant tumors. Citation Format: Marcel Kool, Natalie Jäger, Dominik Sturm, David T.W. Jones, Volker Hoverstadt, Ivo Buchhalter, Pascal Johann, Christin Schmidt, Marina Ryzhova, Paul A. Northcott, Pablo Landgraf, Marc Remke, Michael D. Taylor, Martin Hasselblatt, Ulrich Schüller, Annie Huang, Marie-Laure Yaspo, Andreas von Deimling, Roland Eils, Peter Lichter, Andrey Korshunov, Stefan M. Pfister. Unravelling the biology of aggressive and therapy-resistant embryonal tumors with multilayered rosettes (ETMR). [abstract]. In: Proceedings of the 105th Annual Meeting of the American Association for Cancer Research; 2014 Apr 5-9; San Diego, CA. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2014;74(19 Suppl):Abstract nr 3093. doi:10.1158/1538-7445.AM2014-3093
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».