Screening for soluble methane monooxygenase in methanotrophic bacteria using combined molecular and biochemical methods for hydroxylase detection
Notice bibliographique
Résumé
Three well known methanotrophic bacteria (Methylosinus trichosporium OB3b, Methylocystis sp. WI 14, and Methylocystis sp. GB 25) and three newly isolated methanotrophic bacteria (Methylocystis sp. WI 11, Methylocystis sp. X, and FI-9) were screened for sMMO considering the existence of hydroxylase (component A) genes as well as its gene expression. For these purposes monoclonal antibodies that specifically recognize each subunit of the hydroxylase of Methylocystis sp. WI 14 (alpha-subunit [9E5/F2], beta-subunit [4E2/G11], gamma-subunit [10G3/D7]) were produced. PCR amplification using well known primers showed that the hydroxylase encoding genes appear to be only present in M. trichosporium OB3b, Methylocystis sp. WI 11 and WI 14, and in the isolate FI-9. Western and ELISA analysis using the monoclonal antibodies revealed that all subunits of hydroxylase were present. However, in FI-9, only the alpha-subunit of the hydroxylase might be expressed. Surprisingly, in Methylocystis sp. GB 25, where no sMMO activity and no amplification with sMMO specific primers was obtained, the antibody 4E2/G11 recognized a protein band with exactly the same molecular mass as the beta-subunit of the hydroxylase. Methylocystis sp. X showed no positive reaction in any of the tests. In combination with the detection methods currently used, the described antibodies provide a powerful tool for detecting even partially expressed hydroxylase genes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».