Phylogenetic analysis of inflammatory bowel disease associated Escherichia coli and the fimH virulence determinant
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Evidence supports the role of adherent invasive Escherichia coli (AIEC) in the pathogenesis of inflammatory bowel disease (IBD). However, little is known about the phylogenetic structure and origin of this group of bacteria. Multi-locus sequence typing (MLST), and fimH sequence analysis were performed to elucidate the phylogenetic relationships between E. coli strains isolated from IBD tissue. METHODS: Thirty-six E. coli isolated from IBD patients and healthy individuals were used. MLST analysis of the adk, fumC, gyrB, icd, mdh, purA, and recA housekeeping genes was performed. The fimH gene was also sequenced and phylogenetically analyzed. Biochemical profiling of strains were performed using the API 20 E system. RESULTS: MLST analysis distinguished 9 new alleles and 11 new sequence types, nearly all of which belonged to IBD isolates. E. coli isolated from IBD patients were more likely to be grouped into separate clonal clusters by eBURST analysis of allelic profiles (P = 0.02). Sequencing of fimH placed putative AIEC strains into the same cluster with the uro-pathogenic E. coli CFT073 and the avian-pathogenic E. coli O1:K1:H7. CONCLUSIONS: MLST analysis suggested that E. coli isolated from IBD patients did not evolve from a unique ancestral background. Together with the fimH sequence we conclude that AIEC represent a group of bacteria that have been able to take advantage of an "IBD microenvironment" and likely shares common genes with extraintestinal pathogens like uro-pathogenic CFT073 and avian-pathogenic O1:K1:H7 E. coli. Future research should focus on genes that are unique to AIEC.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».