Copy Number Variation and Transcriptional Polymorphisms of Phytophthora sojae RXLR Effector Genes Avr1a and Avr3a
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Notice bibliographique
Résumé
The importance of segmental duplications and copy number variants as a source of genetic and phenotypic variation is gaining greater appreciation, in a variety of organisms. Now, we have identified the Phytophthora sojae avirulence genes Avr1a and Avr3a and demonstrate how each of these Avr genes display copy number variation in different strains of P. sojae. The Avr1a locus is a tandem array of four near-identical copies of a 5.2 kb DNA segment. Two copies encoding Avr1a are deleted in some P. sojae strains, causing changes in virulence. In other P. sojae strains, differences in transcription of Avr1a result in gain of virulence. For Avr3a, there are four copies or one copy of this gene, depending on the P. sojae strain. In P. sojae strains with multiple copies of Avr3a, this gene occurs within a 10.8 kb segmental duplication that includes four other genes. Transcriptional differences of the Avr3a gene among P. sojae strains cause changes in virulence. To determine the extent of duplication within the superfamily of secreted proteins that includes Avr1a and Avr3a, predicted RXLR effector genes from the P. sojae and the P. ramorum genomes were compared by counting trace file matches from whole genome shotgun sequences. The results indicate that multiple, near-identical copies of RXLR effector genes are prevalent in oomycete genomes. We propose that multiple copies of particular RXLR effectors may contribute to pathogen fitness. However, recognition of these effectors by plant immune systems results in selection for pathogen strains with deleted or transcriptionally silenced gene copies.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle