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Enregistrement W2030393641 · doi:10.1186/1471-2105-12-s1-s55

Closest string with outliers

2011· article· en· W2030393641 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevueBMC Bioinformatics · 2011
Typearticle
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueAlgorithms and Data Compression
Établissements canadiensUniversity of Waterloo
Organismes subventionnairesUniversity of WaterlooNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaMitacs
Mots-clésString (physics)Hamming distanceOutlierCombinatoricsInteger (computer science)String metricEdit distanceBounded functionHamming codeSet (abstract data type)Discrete mathematicsAlgorithmMathematicsString searching algorithmComputer scienceArtificial intelligencePattern matching

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: Given n strings s1, …, sn each of length ℓ and a nonnegative integer d, the CLOSEST STRING problem asks to find a center string s such that none of the input strings has Hamming distance greater than d from s. Finding a common pattern in many--but not necessarily all--input strings is an important task that plays a role in many applications in bioinformatics. RESULTS: Although the closest string model is robust to the oversampling of strings in the input, it is severely affected by the existence of outliers. We propose a refined model, the closest string with outliers (CSWO) problem, to overcome this limitation. This new model asks for a center string s that is within Hamming distance d to at least n - k of the n input strings, where k is a parameter describing the maximum number of outliers. A CSWO solution not only provides the center string as a representative for the set of strings but also reveals the outliers of the set.We provide fixed parameter algorithms for CSWO when d and k are parameters, for both bounded and unbounded alphabets. We also show that when the alphabet is unbounded the problem is W[1]-hard with respect to n - k, ℓ, and d. CONCLUSIONS: Our refined model abstractly models finding common patterns in several but not all input strings. We initialize the study of the computability of this model and show that it is sensitive to different parameterizations. Lastly, we conclude by suggesting several open problems which warrant further investigation.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,983
Score d'incertitude au seuil0,276

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,043
Tête enseignante GPT0,210
Écart entre enseignants0,167 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle