Enrichment of Variations in KIR3DL1/S1 and KIR2DL2/L3 among H1N1/09 ICU Patients: An Exploratory Study
Notice bibliographique
Résumé
Background: Infection by the pandemic influenza A (H1N1/09) virus resulted in significant pathology among specific ethnic groups worldwide.Natural Killer (NK) cells are important in early innate immune responses to viral infections.Activation of NK cells, in part, depend on killer-cell immunoglobulin-like receptors (KIR) and HLA class I ligand interactions.To study factors involved in NK cell dysfunction in overactive immune responses to H1N1 infection, KIR3DL1/S1 and KIR2DL2/L3 allotypes and cognate HLA ligands of H1N1/09 intensive-care unit (ICU) patients were determined.Methodology and Findings: KIR3DL1/S1, KIR2DL2/L3, and HLA -B and -C of 51 H1N1/09 ICU patients and 105 H1N1negative subjects (St.Theresa Point, Manitoba) were characterized.We detected an increase of 3DL1 ligand-negative pairs (3DL1/S1 + Bw6 + Bw4 2 ), and a lack of 2DL1 HLA-C2 ligands, among ICU patients.They were also significantly enriched for 2DL2/L3 ligand-positive pairs (P,0.001,Pc,0.001;Odds Ratio:6.3158,CI95%:2.481-16.078).Relative to St. Theresa aboriginals (STh) and Venezuelan Amerindians (VA), allotypes enriched among aboriginal ICU patients (Ab) were: 2DL3 (Ab.VA, P = 0.024, Pc = 0.047; Odds Ratio:2.563,CI95%:1.109-5.923),3DL1*00101 (Ab.VA, P,0.001, Pc,0.001), 3DL1*01502 (Ab.STh, P = 0.034, Pc = 0.268), and 3DL1*029 (Ab.STh, P = 0.039, Pc = 0.301).Aboriginal patients ligandpositive for 3DL1/S1 and 2DL1 had the lowest probabilities of death (R d ) (R d = 28%), compared to patients that were 3DL1/ S1 ligand-negative (R d = 52%) or carried 3DL1*029 (R d = 52%).Relative to Caucasoids (CA), two allotypes were enriched among non-aboriginal ICU patients (NAb): 3DL1*00401 (NAb.CA, P,0.001, Pc,0.001) and 3DL1*01502 (CA,NAb, P = 0.012, Pc = 0.156).Non-aboriginal patients with ligands for all three KIRs (3DL1/S1, 2DL2/L3, and 2DL1) had the lowest probabilities of death (R d = 36%), compared to subjects with 3DL1*01502 (R d = 48%) and/or 3DL1*00401 (R d = 58%).Conclusions: Specific KIR3DL1/S1 allotypes, 3DL1/S1 and 2DL1 ligand-negative pairs, and 2DL2/L3 ligand-positive pairs were enriched among ICU patients.This suggests a possible association with NK cell dysfunction in patients with overactive immune responses to H1N1/09, leading to severe disease.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».