Alien fungal species on asymptomatic live woody plant material imported into Canada
Notice bibliographique
Résumé
Undescribed exotic and scientifically unknown fungal species with the potential to be pathogens are often difficult to detect on imported live plant material due to their inconspicuous nature and thus represent an important risk to Canadian forests. We have developed an early warning method based on a random sampling of asymptomatic woody live plant material imported into Canada to detect such potential alien fungal species. We received 150 asymptomatic sample lots collected by Canadian Food Inspection Agency (CFIA) inspectors. Samples were analysed by cloning and sequencing the PCR-amplified fungal nuclear ribosomal internal transcribed spacer (ITS) DNA from plant tissues to reveal fungal diversity. Out of 1845 fungal clones obtained, 267 fungal operational taxonomic units (OTUs) were identified. Using phylogenetic profiling methods, two fungal OTUs were categorized as having potential for a moderate impact on Canadian forests, 37 OTUs had a low impact and 18 OTUs could not be assessed given their low genetic similarity with other ITS sequences in GenBank. In all cases, the potential risk associated with these 57 fungal OTUs is based on (i) the fact that they can be considered unknown species to science; and (ii) they belong to orders, classes, genera and families in which pathogenic species are common. Fungal introductions with potential for a moderate impact on Canadian forests were observed at a very low frequency (0.2%) in the sampling units (clones). Only 1.3% of the CFIA samples had an OTU with a potential moderate impact on Canadian forests and 74% of the samples were free of fungal OTUs that could have any potential impact. This early warning method sheds light on the suite of exotic fungi that may enter Canada via plant material. Additionally, this method provides the tools to assess the potential risk that these fungi may post to Canadian trees and determines the magnitude of asymptomatic material that harbours fungal pathogens.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».