The Wall Teichoic Acid Polymerase TagF Is Non-processive in Vitro and Amenable to Study Using Steady State Kinetic Analysis
Notice bibliographique
Résumé
Wall teichoic acids are a chemically diverse group of anionic polymers that constitute up to 50% of the Gram-positive cell wall. These polymers play a pivotal role in virulence and have been implicated in a diverse range of physiological functions. The TagF-like family of enzymes has been shown to be responsible for wall teichoic acid priming and polymerization events. Although many such enzymes are well validated therapeutic targets, a mechanistic understanding of this enzyme family has remained elusive. TagF is the prototypical teichoic acid polymerase and uses CDP-glycerol to catalyze synthesis of the linear (1,3)-linked poly(glycerol phosphate) teichoic acid in Bacillus subtilis 168. Here we used a synthetic soluble analog of the natural substrate of the enzyme, Lipid , to conduct the first detailed mechanistic investigation of teichoic acid polymerization. Through the use of a new high pressure liquid chromatography-based assay to monitor single glycerol phosphate incorporations into the Lipid analog, we conducted a detailed analysis of reaction product formation patterns and unequivocally showed TagF to be non-processive in vitro. Furthermore by monitoring the kinetics of polymerization, we showed that Lipid analog species varying in size have the same K(m) value of 2.6 microm and validated use of Bi Bi velocity expressions to model the TagF enzyme system. Initial rate analysis showed that TagF catalyzes a sequential Bi Bi mechanism where both substrates are added to the enzyme prior to product release consistent with a single displacement chemical mechanism.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».