Modèle topologique de la structure d’un antiport vacuolaire de type NHX chez la vigne cultivée (<i>Vitis vinifera</i>)
Notice bibliographique
Résumé
After identifying and isolating a grapevine ( Vitis vinifera L.) NHX vacuolar antiporter and before initializing functional genomic studies, we juged necessary to acquire a minimum of knowledge about the VvNHX1 protein. Thus, we realized a bioinformatic analysis to determine its basic characteristics and to get structural informations that could guide us through the functional characterization. We have determined important physico-chemical parameters (molecular mass, isoelectric point, hydrophobic regions, etc.) and obtained interesting structural data (primary, secondary, and tertiary structures; conserved domains and interaction motives; etc.). The VvNHX1 gene, which encodes this 541 amino-acid protein with a predicted molecular mass of 60 kDa, is made of 14 exons and measures 6.5 kb. The amino-acidic composition of this protein is very important, in particular, for the establishment of the α-helix structure, which represents more than 50% of the protein, but also for charge distribution, which generates critical electrostatic interactions for the ionic flux. The secondary structure of VvNHX1 contains multiple transmembrane α-helix segments that are made of hydrophobic amino-acid residues, thus facilitating its insertion in the membrane. Globally, VvNHX1 has one hydrophobic N-terminal region, made of 10 transmembrane segments with 440 amino-acid residues, and one hydrophilic C-terminal region, made of 100 residues. The region located between the fourth and fifth transmembrane segments represents, with its structure mainly helicoidal and the presence of a favourable electrostatic environment, the pore where cation flux is performed across the membrane. VvNHX1 contains various interaction domains as well as several putative posttranslational modification sites, mainly at the C-terminus but also at the N-terminus, that play an important part in regulating protein activities, influence protein structural stability, or interact with other proteins or signalling molecules.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».