Polymorphic background of methionine synthase reductase modulates the phenotype of a disease-causing mutation
Notice bibliographique
Résumé
Methionine synthase reductase (MTRR) is the locus of the cblE class of inborn errors of cobalamin metabolism that is characterized by megaloblastic anemia and homocystinuria. Two highly prevalent SNPs, c.66A>G (p.Ile22Met) and c.524C>T (p.Ser175Leu), are found in the MTRR gene. On the basis of the allele frequency of these amino acids and sequence comparison with members of the same family of proteins, the p.Ile22/p.Ser175 sequence is designated as wild type. While characterizing a pathogenic methionine synthase reductase (MSR) mutation, c.166G>A (p.Val56Met), we discovered an interaction between the mutation and one of the polymorphic sites. Thus, when the p.Val56Met mutant was initially expressed in the p.Ile22/p.Ser175 background, we were surprised to find that kinetically, it was virtually indistinguishable from wild-type protein. To determine if the polymorphisms interacted with the p.Val56Met mutation, it was expressed in all four possible genetic backgrounds. We found that in the p.Ile22Met background, the p.Val56Met mutation impacted the kinetics of MSR and an approximately three- to 10-fold higher concentration of the p.Ile22Met/p.Val56Met mutant was required for maximal activation of methionine synthase vs. the range seen with wild-type MSR variants. A comparable (three- to seven-fold) diminution in MSR activity was observed in extracts of fibroblast cells from patients carrying the p.Val56Met mutation on one MSR allele and a null mutation on the other. These results predicted that the patient allele encodes the p.Val56Met mutation and the p.Ile22Met variation, which was confirmed by sequence analysis. This study reveals how a genetic variation can modulate phenotypic expression of a disease-causing mutation.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».