Construction of an equalized cDNA library from<i>Colletotrichum lagenarium</i>and its application to the isolation of differentially expressed genes
Notice bibliographique
Résumé
To establish an efficient screening system for differentially expressed genes of a phytopathogenic fungus Colletotrichum lagenarium, we constructed an equalized (normalized) cDNA library from C. lagenarium and used this library for differential screening. For the isolation of genes involved in infection-related developments of conidia, conidia undergoing appressorium differentiation were selected as the source of materials for construction of the cDNA library. The equalization of cDNA was performed twice using a kinetic method, and the products were cloned into a plasmid vector. Colony hybridization with nine probes of different abundance showed a reduction in abundance variation from at least 276-fold in the original library to 10-fold in the equalized cDNA library, which demonstrated that the cDNA was successfully equalized. By differential hybridization of 1900 cDNA clones in the equalized cDNA library and RNA blot analysis of candidate clones, we identified 11 independent cDNA clones, designated CAD1 through CAD11, that were expressed in appressorium-differentiating conidia, but not in vegetative mycelia. The transcripts of CAD1 and CAD2 hardly accumulated in preincubated conidia, whereas those of CAD3 and CAD4 accumulated highly and slightly, respectively. The amount of the four CAD transcripts increased at the early stage of the appressorium formation process. Sequence analysis of CAD1 revealed that CAD1 would encode for 101 amino acid polypeptides, which showed homology to metallothioneins. Deduced amino acid sequence of CAD2 would encode 278 amino acid polypeptides, and showed high homology to genes in aflatoxin, and sterigmatocystin gene clusters of Aspergillus parasiticus and A. nidulans, respectively.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,002 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».