Hiding in Plain View: Genetic Profiling Reveals Decades Old Cross Contamination of Bladder Cancer Cell Line KU7 with HeLa
Notice bibliographique
Résumé
PURPOSE: KU7 is a popular urothelial carcinoma cell line that was isolated from the bladder of a patient at Keio University in 1980. It has subsequently been widely used in laboratories around the world. We describe how routine cell line authentication revealed that KU7 was cross contaminated almost 30 years ago with HeLa, a cervical carcinoma cell line. MATERIALS AND METHODS: Presumed KU7 clones dating from 1984 to 1999 were provided by M.D. Anderson Cancer Center, Vancouver Prostate Centre, Kyoto University, Tokyo Medical University and Keio University. HeLa was obtained from ATCC. Genomic DNA was isolated and short tandem repeat analysis was performed at the M.D. Anderson Cancer Center Characterized Cell Line Core Facility, Johns Hopkins University Fragment Analysis Facility and RIKEN BioResource Center, Ibaraki, Japan. Comparative genomic hybridization was performed on a platform (Agilent Technologies, Santa Clara, California) at Vancouver Prostate Centre. RESULTS: The short tandem repeat profile of all KU7 clones was an exact match with that of HeLa. Comparative genomic hybridization of all samples revealed an abundance of shared chromosomal aberrations. Slight differences in some genomic areas were explained by genomic drift in different KU7 clones separated by many years. CONCLUSIONS: Our analysis identified that cross contamination of KU7 with HeLa occurred before 1984 at the source institution. All KU7 clones in the urological literature should be considered HeLa and experimental results should be viewed in this light. Our results emphasize the need to authenticate cell lines in oncological research.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».