The C-terminal Domain of the Escherichia coli WaaJ Glycosyltransferase Is Important for Catalytic Activity and Membrane Association
Notice bibliographique
Résumé
The waaJ gene encodes an alpha-1,2-glucosyltransferase involved in the synthesis of the outer core region of the lipopolysaccha-ride of some Escherichia coli and Salmonella isolates. WaaJ belongs to glycosyltransferase CAZy family 8, characterized by the GT-A fold, a DXD motif, and by retention of configuration at the anomeric carbon of the donor sugar. Detailed kinetic and structural information for bacterial family 8 glycosyltransferases has resulted from studies of Neisseria meningitidis LgtC. As many as 28 amino acids could be deleted from the C terminus of LgtC without affecting its in vitro catalytic behavior. This C-terminal domain has a high ratio of positively charged and hydrophobic residues, a feature conserved in WaaJ and some other family 8 representatives. Unexpectedly, deletion of as few as five residues from the C terminus of WaaJ resulted in substantially reduced in vivo activity. With deletions of 15 residues or less, activity was only detected when levels of expression were elevated. No in vivo activity was detected after the removal of 20 amino acids, regardless of expression levels. Longer deletions (20 residues and greater) compromised the ability of WaaJ to associate with the membrane. However, the reduced in vivo activity in enzymes lacking 5-12 C-terminal residues also reflected a dramatic drop in catalytic activity in vitro (a 294-fold decrease in the apparent kcat/Km,LPS). Deletions removing 20 or more residues resulted in a protein showing no detectable in vitro activity. Therefore, the C-terminal domain of WaaJ plays a critical role in enzyme function.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».