A Combined STD-NMR/Molecular Modeling Protocol for Predicting the Binding Modes of the Glycosidase Inhibitors Kifunensine and Salacinol to Golgi α-Mannosidase II
Notice bibliographique
Résumé
A combined STD-NMR/molecular modeling protocol to probe the binding modes of the glycosidase inhibitors kifunensine and salacinol to Drosophila melanogaster Golgi alpha-mannosidase II (dGMII) was tested. Saturation-transfer difference (STD) NMR experiments were carried out for the complexes of dGMII with these two inhibitors. The program AutoDock 3.0 was then used to optimize the interactions of the inhibitors with the residues in the active site of dGMII. Theoretical STD effects of the ligand protons in the complexes were calculated for the different binding modes with the recently developed CORCEMA-ST protocol. Comparison of experimental and theoretical effects then permitted selection of the likely binding modes of the ligands. The more rigid kifunensine was used initially to test the protocol. Excellent correlation between experimental and theoretical data was obtained for one of the binding modes that also corresponded to that observed in the crystal structure of the complex. The protocol was then extended to the more flexible salacinol. For the selected binding mode, good correlation of experimental and theoretical data for the five-membered ring was obtained; however, poor correlation for protons on the acyclic chain was obtained, suggesting flexibility in this portion of the molecule. Comparison of the selected binding mode with that from a crystal structure of salacinol with dGMII showed excellent superimposition of the five-membered ring but another orientation of the acyclic chain. The results suggest that reliable structural binding modes of a ligand to protein in aqueous solution can be provided with the combined use of STD-NMR spectroscopy, molecular modeling, and CORCEMA-ST calculations, although highly flexible portions of the ligand may be poorly defined.
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Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».