Potentiometric Analysis of UDP-Galactopyranose Mutase: Stabilization of the Flavosemiquinone by Substrate
Notice bibliographique
Résumé
UDP-galactopyranose mutase is a flavoprotein which catalyses the interconversion of UDP-galactopyranose and UDP-galactofuranose. The enzyme is of interest because it provides the activated biosynthetic precursor of galactofuranose, a key cell wall component of many bacterial pathogens. The reaction mechanism of this mutase is intriguing because the anomeric oxygen forms a glycosidic bond, which means that the reaction must proceed by a novel mechanism involving ring breakage and closure. The structure of the enzyme is known, but the mechanism, although speculated on, is not resolved. The overall reaction is electrically neutral but a crypto-redox reaction is suggested by the requirement that the flavin must adopt the reduced form for activity. Herein we report a thermodynamic analysis of the enzyme's flavin cofactor with the objective of defining the system and setting parameters for possible reaction schemes. The analysis shows that the neutral semiquinone (FADH(*)) is stabilized in the presence of substrate and the fully reduced flavin is the anionic FADH(-) rather than the neutral FADH(2). The anionic FADH(-) has the potential to act as a rapid 1-electron donor/acceptor without being slowed by a coupled proton transfer and is therefore an ideal crypto-redox cofactor.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».