Identification of candidate genes, regions and markers for pre-harvest sprouting resistance in wheat (Triticum aestivum L.)
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Pre-harvest sprouting (PHS) of wheat grain leads to a reduction in grain yield and quality. The availability of markers for marker-assisted selection (MAS) of PHS resistance will serve to enhance breeding selection and advancement of lines for cultivar development. The aim of this study was to identify candidate regions and develop molecular markers for PHS resistance in wheat. This was achieved via high density mapping of single nucleotide polymorphism (SNP) markers from an Illumina 90 K Infinium Custom Beadchip in a doubled haploid (DH) population derived from a RL4452/'AC Domain' cross and subsequent detection of quantitative trait loci (QTL) for PHS related traits (falling number [FN], germination index [GI] and sprouting index [SI]). SNP marker sequences flanking QTL were used to locate colinear regions in Brachypodium and rice, and identify genic markers associated with PHS resistance that can be utilized for MAS in wheat. RESULTS: A linkage map spanning 2569.4 cM was constructed with a total of 12,201 SNP, simple sequence repeat (SSR), diversity arrays technology (DArT) and expressed sequence tag (EST) markers. QTL analyses using Multiple Interval Mapping (MIM) identified four QTL for PHS resistance traits on chromosomes 3B, 4A, 7B and 7D. Sequences of SNPs flanking these QTL were subject to a BLASTN search on the International Wheat Genome Sequencing Consortium (IWGSC) database (http://wheat-urgi.versailles.inra.fr/Seq-Repository). Best survey sequence hits were subject to a BLASTN search on Gramene (www.gramene.org) against both Brachypodium and rice databases, and candidate genes and regions for PHS resistance were identified. A total of 18 SNP flanking sequences on chromosomes 3B, 4A, 7B and 7D were converted to KASP markers and validated with matching genotype calls of Infinium SNP data. CONCLUSIONS: Our study identified candidate genes involved in abscissic acid (ABA) and gibberellin (GA) metabolism, and flowering time in four genomic regions of Brachypodium and rice respectively, in addition to 18 KASP markers for PHS resistance in wheat. These markers can be deployed in future genetic studies of PHS resistance and might also be useful in the evaluation of PHS in germplasm and breeding material.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».