Purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of a μ-like calpain
Notice bibliographique
Résumé
The X-ray structure of m-calpain in the absence of Ca(2+) has been described, but it has not been possible to obtain sufficient mu-calpain for structure determination. Comparison of the two structures is of interest in attempting to understand their different Ca(2+) requirements. Here, the crystallization in the absence of Ca(2+) of an inactive mutant hybrid calpain (MW approximately 100 kDa), which contains 85% of the rat mu-calpain sequence and is well expressed in Escherichia coli, is described. The properties of this calpain in its active form and particularly its Ca(2+) requirement are close to those expected for wild-type mu-calpain. Clusters of plate-shaped crystals were obtained by vapour diffusion with polyethylene glycol (M(r) approximately 6000) as precipitating agent in the presence of detergent. The crystals diffract to a resolution of 2.7 A at a synchrotron source. The space group is P2(1), with unit-cell parameters a = 72.7, b = 184.6, c = 86.3 A, beta = 100.7 degrees. There are two molecules in the asymmetric unit, corresponding to a solvent content of 57.1%.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».