Differences in enhancer activity in mouse and zebrafish reporter assays are often associated with changes in gene expression
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Phenotypic evolution in animals is thought to be driven in large part by differences in gene expression patterns, which can result from sequence changes in cis-regulatory elements (cis-changes) or from changes in the expression pattern or function of transcription factors (trans-changes). While isolated examples of trans-changes have been identified, the scale of their overall contribution to regulatory and phenotypic evolution remains unclear. RESULTS: Here, we attempt to examine the prevalence of trans-effects and their potential impact on gene expression patterns in vertebrate evolution by comparing the function of identical human tissue-specific enhancer sequences in two highly divergent vertebrate model systems, mouse and zebrafish. Among 47 human conserved non-coding elements (CNEs) tested in transgenic mouse embryos and in stable zebrafish lines, at least one species-specific expression domain was observed in the majority (83%) of cases, and 36% presented dramatically different expression patterns between the two species. Although some of these discrepancies may be due to the use of different transgenesis systems in mouse and zebrafish, in some instances we found an association between differences in enhancer activity and changes in the endogenous gene expression patterns between mouse and zebrafish, suggesting a potential role for trans-changes in the evolution of gene expression. CONCLUSIONS: In total, our results: (i) serve as a cautionary tale for studies investigating the role of human enhancers in different model organisms, and (ii) suggest that changes in the trans environment may play a significant role in the evolution of gene expression in vertebrates.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».