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Enregistrement W2032180763 · doi:10.1002/gepi.20429

Bayesian mixture modeling of gene‐environment and gene‐gene interactions

2009· article· en· W2032180763 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueGenetic Epidemiology · 2009
Typearticle
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueBayesian Methods and Mixture Models
Établissements canadiensLunenfeld-Tanenbaum Research Institute
Organismes subventionnairesNational Human Genome Research InstituteNational Institutes of HealthCancer Research UK
Mots-clésCurse of dimensionalityBayesian probabilitySet (abstract data type)GeneComputer scienceComputational biologyMultifactor dimensionality reductionBayes' theoremBayesian hierarchical modelingGenotypingData setMixture modelBiologyGeneticsMachine learningArtificial intelligence

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

With the advent of rapid and relatively cheap genotyping technologies there is now the opportunity to attempt to identify gene-environment and gene-gene interactions when the number of genes and environmental factors is potentially large. Unfortunately the dimensionality of the parameter space leads to a computational explosion in the number of possible interactions that may be investigated. The full model that includes all interactions and main effects can be unstable, with wide confidence intervals arising from the large number of estimated parameters. We describe a hierarchical mixture model that allows all interactions to be investigated simultaneously, but assumes the effects come from a mixture prior with two components, one that reflects small null effects and the second for epidemiologically significant effects. Effects from the former are effectively set to zero, hence increasing the power for the detection of real signals. The prior framework is very flexible, which allows substantive information to be incorporated into the analysis. We illustrate the methods first using simulation, and then on data from a case-control study of lung cancer in Central and Eastern Europe.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: Méthodes
Score de désaccord entre enseignants0,761
Score d'incertitude au seuil0,822

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,037
Tête enseignante GPT0,303
Écart entre enseignants0,266 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle