Commensal Fecal <i>Escherichia coli</i> Diversity in Dairy Cows at High and Low Risk for Incurring Subacute Ruminal Acidosis
Notice bibliographique
Résumé
Subacute ruminal acidosis (SARA) is a common digestive disorder in dairy cows characterized by prolonged periods of undesirably low rumen pH (<5.8) and is caused by the accumulation of volatile fatty acids in rumen. This disorder damages the ruminal mucosa, causes diarrhea, reduces dry matter intake (DMI), and can result in anorexia and death. In this study, nonlactating dairy cows were fed diets predisposing them to a high risk (HR; n = 6) or a low risk (LR; n = 6) for experiencing SARA. The goal was to investigate differences in antimicrobial resistance selection, proliferation, and characterization of Escherichia coli strain types among the two treatment groups. Fecal samples were used to isolate total, tetracycline-resistant (Tet(r)), and ampicillin-resistant E. coli, and selected isolates were examined. We found reduced total (1.2-fold) and Tet(r) (1.4-fold) E. coli in HR cows. Low ampicillin-resistant E. coli shedding was detected from both HR (0.22 colony forming unit/g) and LR (0.46 colony forming unit/g) cows. Overall, 39 pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) profiles and 13 antibiotic resistance profiles (phenotypes) were identified from the total isolates examined (n = 144). The LR cows exhibited diverse genotypes (22 PFGE profiles) clustering into seven restriction endonuclease digestion pattern clusters (REPCs) within total and Tet(r) E. coli. In comparison, isolates from HR animals showed increased genotypic relatedness (16 PFGE profiles and 13 REPC with comparable phenotypes). From both HR and LR cows, no significant differences in the detection of a particular phenotype were observed (p > 0.05), and tet(A) allele was frequently detected among isolates from HR (45.2%) and tet(B) from LR (36.6%) cows. Changes in fecal E. coli genotypes should be explored further for its usefulness as an indicator for SARA since dairy cows are a reservoir of diverse E. coli strain types. Our results elucidate phenotypic and genotypic differences in fecal E. coli shed between HR and LR cows.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».