Binding Affinities for Models of Biologically Available Potential Cu(II) Ligands Relevant to Alzheimer's Disease: An ab Initio Study
Notice bibliographique
Résumé
A systematic study of the binding affinities of the model biological ligands X: = (CH3)2S, CH3S-, CH3NH2, 4-CH3-imidazole (MeImid), C6H5O-, and CH3CO2- to (NH3)i(H2O)3-iCu(II)-H2O (i = 3, 2, 1, 0) complexes has been carried out using quantum chemical calculations. Geometries have been obtained at the B3LYP/ 6-31G(d) level of theory, and binding energies, Delta, relative to H2O as a ligand, have been calculated at the B3LYP/6-311+G(2df,2p)//B3LYP/6-31G(d) level. Solvation effects have been included using the COSMO model, and the relative binding free energies in aqueous solution (Delta) have been determined at pH 7 for processes that are pH dependent. CH3S- (Delta = -16.0 to -53.5 kJ mol(-1)) and MeImid (Delta = -18.5 to -35.2 kJ mol(-1)) give the largest binding affinities for Cu(II). PhO- and (CH3)2S are poor ligands for Cu(II), Delta = 20.6 to -9.7 and 19.8 to -3.7 kJ mol(-1), respectively. The binding affinities for CH3NH2 range from -0.8 to -15.0 kJ mol(-1). CH3CO2- has Cu(II) binding affinities in the ranges Delta = -13.5 to -32.4 kJ mol(-1) if an adjacent OH bond is available for hydrogen bonding and Delta = 10.1 to -4.6 kJ mol(-1) if this interaction is not present. In the context of copper coordination by the Abeta peptide of Alzheimer's disease, the binding affinities suggest preferential binding of Cu(II) to the three histidine residues plus a lysine or the N-terminus. For a 3N1O Cu(II) ligand arrangement, it is more probable that the oxygen ligand comes from an aspartate/glutamate residue side chain than from the tyrosine at position 10. Methionine appears unlikely to be a Cu(II) ligand in Abeta.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».