CK8/18 expression, the basal phenotype, and family history in identifying <i>BRCA1</i>‐associated breast cancer in the Ontario site of the Breast Cancer Family Registry
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: BRCA1-associated breast cancer had been shown to be morphologically and genetically distinct from sporadic cancers. The aim of this study was to determine the association of CK8/18 with BRCA1-associated tumors and if, by using CK8/18 and basal biomarkers in conjunction with morphologic features and family history characteristics, the specificity of the BRCA1-associated tumor profile in a pathologically well-characterized cohort would be improved. METHODS: Fifty-eight patients with known BRCA1 germline mutations and 221 control (familial non-BRCA) patients were selected from the Ontario Familial Breast Cancer Registry. From this database, information on family history and morphologic features was abstracted. Tissue microarrays were constructed and immunohistochemistry to determine expression of several biomarkers was performed. After a logistic regression fit, a best-subsets variable-selection procedure using model performance and predictive ability measures was applied to find a best predictor to distinguish BRCA1-associated tumors from non-BRCA associated tumors. RESULTS: BRCA1-associated tumors differed significantly from control tumors in terms of morphology, family history, and biomarker profile. CK8/18 was highly significantly associated with BRCA1 tumors. Consistently, BRCA1 cancers showed low levels of CK8/18 compared to non-BRCA tumors, whether they were basal-like or not. A combination of 7 factors, including CK8/18 and family history, best predicted the BRCA1-associated cancers. CONCLUSIONS: CK8/18 expression was independently associated with BRCA1-associated breast cancers. Reduced CK8/18 expression in conjunction with the basal-like phenotype and family history may have improved the ability to identify which tumors were likely to be associated with a BRCA1 germline mutation and thereby help streamline genetic testing.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».