Proof of principle: quality control of therapeutic cell preparations using senescence-associated DNA-methylation changes
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Tracking of replicative senescence is of fundamental relevance in cellular therapy. Cell preparations - such as mesenchymal stromal cells (MSCs) - undergo continuous changes during culture expansion, which is reflected by impaired proliferation and loss of differentiation potential. This process is associated with epigenetic modifications: during in vitro culture, cells acquire senescence-associated DNA methylation (SA-DNAm) changes at specific sites in the genome. We have recently described an Epigenetic-Senescence-Signature that facilitates prediction of the state of cellular aging by analysis of DNAm at six CpG sites (associated with the genes GRM7, CASR, PRAMEF2, SELP, CASP14 and KRTAP13-3), but this has not yet been proven over subsequent passages and with MSCs isolated under good manufacturing practice (GMP) conditions. FINDINGS: MSCs were isolated from human bone marrow and GMP-conform expanded for up to 11 passages. Cumulative population doublings (cPDs) and long-term growth curves were calculated based on cell numbers at each passage. Furthermore, 32 cryopreserved aliquots of these cell preparations were retrospectively analyzed using our Epigenetic-Senescence-Signature: DNAm-level was analyzed at six specific CpGs, and the results were used to estimate cPDs, time of culture expansion, and passage numbers. Overall, predicted and real parameters revealed a good correlation, particularly in cPDs. Based on predicted cPDs we could reconstruct long-term growth curves and demonstrated the continuous increase in replicative senescence on molecular level. CONCLUSION: Epigenetic analysis of specific CpG sites in the genome can be used to estimate the state of cellular aging for quality control of therapeutic cell products.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,009 | 0,010 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle