Development of PCR-Based Assays for Detecting <i>Xanthomonas campestris</i> pv. <i>carotae</i>, the Carrot Bacterial Leaf Blight Pathogen, from Different Substrates
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
Detection of the carrot bacterial leaf blight pathogen, Xanthomonas campestris pv. carotae, was achieved using polymerase chain reaction (PCR) along with primer pairs developed from sequences of cloned random amplified polymorphic DNA (RAPD) fragments. Primer pairs 3S and 9B directed the amplification of ∼350-bp and ∼900-bp (or ∼2 kb) DNA fragments, respectively, from genomic DNA of all known X. campestris pv. carotae strains tested, but not from that of 13 other X. campestris pathovars or other bacterial species, including yellow non-xanthomonad bacteria isolated from carrot tissues and seeds. In tests conducted with an extensive collection of X. campestris pv. carotae-like strains isolated from different substrates from California, Idaho, Oregon, Washington, and Canada, the 3S primer pair directed the amplification of the ∼350-bp target fragment from all strains. These results indicated that the 3S primer pair is highly specific for X. campestris pv. carotae detection. Using the 3S primer pair, PCR assays were developed for detection of X. campestris pv. carotae from colonies on agar media, carrot leaf and stem tissues, and seeds. These tests could be performed in a single day. The PCR-based seed assay detected X. campestris pv. carotae from lots with contamination rates ranging from 2 × 10 2 to 2.3 × 10 8 CFU per gram of seed. This assay gave results similar to a seed-wash dilution plating assay and proved more sensitive than an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA)-based assay.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle