A floristic survey of marine tube-forming diatoms reveals unexpected diversity and extensive co-habitation among genetic lines of the<i>Berkeleya rutilans</i>complex (Bacillariophyceae)
Pourquoi ce travail est dans la base
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Notice bibliographique
Résumé
Limited molecular data for marine tube-forming diatoms are available currently and this study provides the first molecular survey of these taxa. To conduct this survey, we used a molecular-assisted alpha taxonomy (MAAT) approach that utilizes DNA barcode data. We used three DNA barcode markers: the 3´ end of the large subunit of RUBISCO (rbcL-3P); the variable D2/D3 region of the nuclear large subunit ribosomal DNA (LSU D2/D3); and the internal transcribed spacer 2 (ITS2) to assign marine tube-forming diatoms from Canada to genetic species groups. The rbcL-3P analysis uncovered 29 genetic groups including representatives of Haslea crucigera, Navicula bottnica, N. brunelii, N. ramosissima, Nitzschia fontifuga, N. tubicola, Parlibellus berkeleya and P. delognei f. elliptica, as well as a complex of 14 closely related groups morphologically consistent with Berkeleya rutilans. We sequenced ITS2 for representatives of the B. rutilans complex; these data were consistent with the rbcL-3P genetic clusters for 86% of the colonies tested. The remaining 14% were in conflict, possibly indicating that more than a single Berkeleya genetic species was present in each colony. To investigate this hypothesis further, we developed 'species-specific' ITS2 primers and confirmed heterogeneity of Berkeleya genetic species in 64% of the colonies tested (N = 91). Therefore, a taxonomic assessment of tube-forming species that were originally described on the basis of colony morphology (e.g. Berkeleya rutilans) can only proceed using clonal cultures or single-cell analysis.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle