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Enregistrement W203384920 · doi:10.1182/blood.v122.21.1069.1069

Characterization Of Von Willebrand Factor Splice Variants From Exonic & Intronic Splicing Mutations

2013· article· en· W203384920 sur OpenAlexaff
Lindsey G. Hawke, Georges‐Étienne Rivard, Man‐Chiu Poon, Paula D. James

Notice bibliographique

RevueBlood · 2013
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiquePlatelet Disorders and Treatments
Établissements canadiensUniversity of CalgaryCentre Hospitalier Universitaire Sainte-JustineQueen's University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésExonExon skippingspliceSplice site mutationRNA splicingVon Willebrand diseaseVon Willebrand factorMolecular biologyGeneticsMutationAlternative splicingExonic splicing enhancerBiologyGeneImmunologyPlateletRNA

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract von Willebrand disease (VWD) is the most commonly inherited bleeding disorder with a symptomatic prevalence of 1:1000. Type 1 VWD comprises ∼80% of VWD cases and is defined by mild to moderate deficiencies of von Willebrand factor (VWF). Aberrant splicing causes 10-15% of type 1 VWD cases and the mutations are primarily found in consensus splice sites. Investigation of the VWF mRNA is required in order to determine whether the sequence variants outside of consensus splice sites affect splicing. In this study, aberrant splicing of VWF was studied using platelet and/or blood outgrowth endothelial cell (BOEC) mRNA from 3 patients from two type 1 VWD families with putative exonic and intronic splicing mutations. Variant splice forms were identified and their effects were further characterized through expression studies in HEK293(T) cells, as well as further investigation of the patient-derived BOEC. Table 1 displays the patient phenotype, mutation status, and the VWF splice forms identified through reverse transcription of the patient mRNA.Table 1Patient phenotype, mutation, and identified splice variantsPatient IDBleeding ScoreVWF: Ag (IU/mL)VWF:RCo (IU/mL)FVIII:C (IU/mL)Nucleotide ChangeVWF Splice VariantsV70110.270.170.45c.3538G>A heterozygouswildtype (wt) VWF exon 23 skipping exon 26 skipping exons 23&26 skippingV447110.400.380.51c.6599-20A>T heterozygouswt VWF exon 38 skippingV44940.440.440.75c.6599-20A>T heterozygouswt VWF exon 38 skipping The skipping of exon 23, 26, or the combined skipping of these two exons are in-frame changes to the VWF mRNA and therefore truncated VWF would be produced from these transcripts. Skipping exon 38 however, introduces a premature termination codon (PTC) which may induce nonsense mediated decay (NMD) of the VWF mRNA. Site-directed mutagenesis was used to create expression vectors for each of the aberrant VWF splice variants, which were then transfected into HEK293T cells at varying ratios mutant:wt VWF (100:0, 50:50, 25:75, 10:90, 0:100). All 4 of these VWF variants displayed a significant dose dependent impairment of VWF secretion relative to the wt transfections (Table 2). This decrease in VWF secretion was only matched by a corresponding increase in VWF in the cell lysates for the exon 26 skipping transfections (p<0.05) indicating intracellular retention of the VWF. Where intracellular retention was not observed, proteasomal degradation of the mutant VWF was proposed as the pathogenic mechanism. Proteasomes were inhibited by MG-132; however, intracellular VWF did not increase with treatment and therefore an alternate pathway may be responsible for decreased expression of these proteins. Additionally, calcium ionophore did not appear to stimulate secretion of the VWF mutants lacking either exon 26, exons 23&26, or exon 38 in the absence of wt VWF (Table 2).Table 2VWF secretion (media/total VWF) relative to wt and fold change (fc) with calcium ionophore stimulus (*** p<0.001; ** p<0.01; *p<0.05)Exon 23 SkippingExon 26 SkippingExons 23&26 SkippingExon 38 Skipping% mutant vectorwt(%)fcwt(%)fcwt(%)fcwt(%)fc1005±3.1 ***4.7±0.27±2.3 ***0.4±0.414±5.1 ***0±0.022±0.6***0.96±0.15029±20*2.3±0.1*11±4.5 ***14.1±2.264±12*2.3±1.7*58±17*1.3±0.12552±21 *53±15 *79±4168±19 *1079±2180±28113±5284±10 Pseudo Weibel-Palade body (WPB) localization of the VWF was observed through confocal immunofluorescence of HEK293 cells transfected with wt VWF and VWF skipping exon 26. VWF skipping exon 23 and exons 23&26 show some localization of the VWF in rounded organelles; however this is less organized than was seen with wt VWF. Staining of VWF lacking exon 38 appears to resemble retention in the ER, and co-localization with PDI will be investigated. Overall, we have found that the exonic mutation c.3538G>A causes skipping of exons 23 and/or 26 which cause type 1 VWD in the heterozygous patient V70 through the combined action of intracellular retention of VWF lacking exon 26, and decreased secretion of VWF skipping exon 23 and VWF skipping exons 23&26. Additionally, the skipping of exon 38 from the intronic mutation c.6599-20A>T causes type 1 VWD in patients V447 and V449 likely due to NMD of the PTC containing transcript and potentially ER degradation of the protein product of any residual mutant mRNA. Therefore these mutations lead to pathogenic VWF splicing variants which cause type 1 VWD through multiple mechanisms. Disclosures: James: CSL Behring: Honoraria, Research Funding; Octapharma: Honoraria, Research Funding; Baxter: Honoraria; Bayer: Honoraria.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,232
Écart entre enseignants0,221 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2013
Routes d'admission1
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