Conserved synteny of genes between chromosome 15 of <i>Bombyx mori</i> and a chromosome of <i>Manduca sexta</i> shown by five-color BAC-FISH
Notice bibliographique
Résumé
The successful assignment of the existing genetic linkage groups (LGs) to individual chromosomes and the second-generation linkage map obtained by mapping a large number of bacterial artificial chromosome (BAC) contigs in the silkworm, Bombyx mori, together with public nucleotide sequence databases, offer a powerful tool for the study of synteny between karyotypes of B. mori and other lepidopteran species. Conserved synteny of genes between particular chromosomes can be identified by comparatively mapping orthologous genes of the corresponding linkage groups with the help of BAC-FISH (fluorescent in situ hybridization). This technique was established in B. mori for 2 differently labeled BAC probes simultaneously hybridized to pachytene bivalents. To achieve higher-throughput comparative mapping using BAC-FISH in Lepidoptera, we developed a protocol for five-color BAC-FISH, which allowed us to map simultaneously 6 different BAC probes to chromosome 15 in B. mori. We identified orthologs of 6 B. mori LG15 genes (RpP0, RpS8, eIF3, RpL7A, RpS23, and Hsc70) for the tobacco hornworm, Manduca sexta, and selected the ortholog-containing BAC clones from an M. sexta BAC library. All 6 M. sexta BAC clones hybridized to a single M. sexta bivalent in pachytene spermatocytes. Thus, we have confirmed the conserved synteny between the B. mori chromosome 15 and the corresponding M. sexta chromosome (hence provisionally termed chromosome 15).
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».