Matrix Effect on In-Source Decay Products of Peptides in Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization
Notice bibliographique
Résumé
MALDI-ISD of peptides were studied using several salicylic acid derivatives, 2,5-dihydroxybenzoic acid (2,5-DHB), 5-aminosalicylic acid (5-ASA), 5-formylsalicylic acid (5-FSA), and 5-nitrosalicylic acid (5-NSA) as matrices. The difference in the nature of the functional group at the 5-position in the salicylic acid derivatives can dramatically affect the ISD products. The use of 2,5-DHB and 5-ASA leads to "hydrogen-abundant" peptide radicals and subsequent radical-induced N-Cα bonds cleavage. N-Cα bond cleavage gave a c'/z (·) fragment pair and radical z (·)-series fragments gain a hydrogen radical or react with a matrix radical. In contrast, the use of 5-NSA resulted in the production of a "hydrogen-deficient" peptide radical that contained a radical site on the amide nitrogen in the peptide backbone. Subsequently, the radical site on the amide nitrogen induces Cα-C bond dissociation, leading to a (·)/x fragment pair. The a (·)-series ions undergo further hydrogen abstraction to form a-series ions after Cα-C bond cleavage. Since the Pro residue does not contain a nitrogen-centered radical site, Cα-C bond cleavage does not occur. Alternatively, the specific cleavage of CO-N bonds leads to a b (·)/y fragment pair at Xxx-Pro which occurs via hydrogen abstraction from the Cα-H in the Pro residue. The use of 5-FSA generated both a (·)/x- and c'/z (·)-series fragment pairs. An oxidizing matrix provides useful complementary information in MALDI-ISD compared to a reducing matrix for the analysis of amino acid sequencing and site localization in cases of phosphopeptides. MALDI-ISD, when used in conjunction with both reducing and oxidizing matrices is a potentially useful method for de novo peptide sequencing.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».