Identification of Two Catalases in <i>Azotobacter vinelandii</i> : a KatG Homologue and a Novel Bacterial Cytochrome <i>c</i> Catalase, CCC <sub> <i>Av</i> </sub>
Notice bibliographique
Résumé
Azotobacter vinelandii produces two detectable catalases during growth on minimal medium. The heat-labile catalase expressed during exponential growth phase was identified as a KatG homologue by liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) using a mixed protein sample. The second catalase was heat resistant and had substantial residual activity after treatment at 90 degrees C. This enzyme was purified by anion-exchange and size exclusion chromatography and was found to exhibit strong absorption at 407 nm, which is often indicative of associated heme moieties. The purified protein was fragmented by proteinase K and identified by LC-MS/MS. Some identity was shared with the MauG/bacterial cytochrome c peroxidase (BCCP) protein family, but the enzyme exhibited a strong catalase activity never before observed in this family. Because two putative c-type heme sites (CXXCH) were predicted in the peptide sequence and were demonstrated experimentally, the enzyme was designated a cytochrome c catalase (CCC(Av)). However, the local organization of the CCC(Av) heme motifs differed significantly from that of the BCCPs as the sites were confined to the C-terminal half of the catalase. A possible Ca2+ binding motif, previously described in the BCCPs, is also present in the CCC(Av) peptide sequence. Some instability in the presence of EGTA was observed. Expression of the catalase was abolished in cccA mutants, resulting in a nearly 8,700-fold reduction in peroxide resistance in stationary phase.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».