CpG methylation accounts for a recurrent mutation (c.1222C>T) in the humanPAH gene
Notice bibliographique
Résumé
The human PAH gene (GenBank: U49897.1 (cDNA), AF404777 (gDNA)) harbors alleles that either cause or are associated with hyperphenylalaninemia and phenylketonuria (http://www.pahdb.mcgill.ca). Mutation analysis has identified approximately 500 alleles of which approximately 30 produce polymorphic core haplotypes. The c.1222C>T allele (p.R408W) is the most prevalent and widely encountered PKU-causing allele. Because it occurs on multiple locus-specific polymorphic haplotypes, it is probably not identical by descent in different populations. This mutation involves a CpG dinucleotide in a so-called "hypermutable" codon suggesting that c.1222C>T could be a recurrent allele following spontaneous methylation-mediated deamination of 5 mC. This concept is widely assumed and accepted but the 5mC status of hypermutable codons has seldom been confirmed. We show that the PAH c.1222C nucleotide is indeed methylated (c.1222 mC) in somatic genomes (leukocyte and brain) of H. sapiens. Examination of a representative region in exon 12 (and also in exon 7) in the PAH gene shows that 5 mC is restricted to cytosines in CpG dinucleotides in the hypermutable codons. The methylation pattern seen in human PAH exon 12 was also observed in the corresponding codon in three nonhuman primates. The finding offers at least one explanation for the high relative frequency of the c.1222C>T (p.R408W) allele in the human population.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».