Common and Rare <i>ABCA1</i> Variants Affecting Plasma HDL Cholesterol
Notice bibliographique
Résumé
Mutations in ABCA1, a member of the ATP-binding cassette family, have been shown to underlie Tangier disease (TD) and familial hypoalphalipoproteinemia (FHA), which are genetic disorders that are characterized by depressed concentrations of plasma high density lipoprotein (HDL) cholesterol. An important question is whether common variants within the coding sequence of ABCA1 can affect plasma HDL cholesterol in the general population. To address this issue, we developed a screening strategy to find common ABCA1 variants. This strategy involved long-range amplification of genomic DNA by using coding sequences only, followed by deep sequencing into the introns. This method helped us to characterize a new set of amplification primers, which permitted amplification of virtually all of the coding sequence of ABCA1 and its intron-exon boundaries with a single DNA amplification program. With these new sequencing primers, we found 3 novel ABCA1 mutations: a frameshift mutation (4570insA, A1484S-->X1492), a missense mutation (A986D) in a TD family, and a missense mutation (R170C) in aboriginal subjects with FHA. We also used these sequencing primers to characterize 4 novel common amino acid variants in ABCA1, in addition to 5 novel common silent variants. We tested for association of the ABCA1 I/M823 variant with plasma HDL cholesterol in Canadian Inuit and found that M823/M823 homozygotes had significantly higher plasma HDL cholesterol compared with subjects with the other genotypes. The results provide proof of principle of the effectiveness of this approach to identify both rare and common ABCA1 genomic variants and also suggest that common amino acid variation in ABCA1 is a determinant of plasma HDL cholesterol in the general population.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».