A Histidine Residue in the Catalytic Mechanism Distinguishes <i>Vibrio</i> <i>harveyi</i> Aldehyde Dehydrogenase from Other Members of the Aldehyde Dehydrogenase Superfamily
Notice bibliographique
Résumé
Aldehyde dehydrogenases (ALDHs) catalyze the transfer to NAD(P) of a hydride ion from a thiohemiacetal derivative of the aldehyde coupled with a cysteine residue in the active site. In Vibrio harveyi aldehyde dehydrogenase (Vh-ALDH), a histidine residue (H450) is in proximity (3.8 A) to the cysteine nucleophile (C289) and is thus capable of increasing its reactivity in sharp contrast to other ALDHs in which more distantly located glutamic acid residues are proposed to act as the general base. Mutation of H450 in Vh-ALDH to Gln and Asn resulted in loss of dehydrogenase, (thio)esterase, and acyl-CoA reductase activities; the residual activity of H450Q was higher than that of the H450N mutant in agreement with the capability of Gln but not Asn to partially replace the epsilon-imino group of H450. Coupled with a change in the rate-limiting step, these results indicate that H450 increases the reactivity of C289. Moreover, for the first time, the acylated enzyme intermediate could be directly monitored after reaction with [(3)H]tetradecanoyl-CoA showing that the H450Q mutant was acylated more rapidly than the H450N mutant. Inactivation of the wild-type enzyme with N-ethylmaleimide was much more rapid than the H450Q mutant which in turn was faster than the H450N mutant, demonstrating directly that the nucleophilicity of C289 was affected by H450. As the glutamic acid residue implicated as the general base in promoting cysteine nucleophilicity in other ALDHs is conserved in Vh-ALDH, elucidation of why a histidine residue has evolved to assist in this function in Vh-ALDH will be important to understand the mechanism of ALDHs in general, as well as help delineate the specific roles of the active site glutamic acid residues.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».