Role of an N-terminal domain found in the ferredoxin from extremely halophilic archaeon Haloarcula japonica
Notice bibliographique
Résumé
The ferredoxin (Fd) from Haloarcula japonica possesses a plant-type [2Fe-2S] cluster and is stable at high salt concentrations. Ha. japonica Fd (HjFd) includes an N-terminal additional domain rich in acidic amino acids, as well as a common core domain that contains the Fe-S cluster. The N-terminally HAT-tagged intact HjFd (HAT/HjFd) and spinach/Ha. japonica chimeric Fd (HAT/Sp/HjFd) were prepared and characterized. Escherichia coli-produced HAT/Sp/HjFd and Ha. japonica-produced HAT/HjFd were produced as holoproteins. On the other hand, E. coli-produced HAT/HjFd did not incorporate the Fe-S cluster. These results suggested that the N-terminal domain of HjFd contributed to the polypeptide folding and successive Fe-S cluster incorporation under high salt conditions. Both Ha. japonica-produced HAT/HjFd and E. coli-produced HAT/Sp/HjFd were stable at high salt concentrations (≥1.5 M NaCl), although a reduction in stability was observed at lower concentrations. Lack of the N-terminal domain did not affect the stability of HjFd, indicating that the core domain mainly contributed to the stability of HjFd at high salt concentrations. Solubility of E. coli-produced HAT/Sp/HjFd under high salt conditions was significantly lower than that of Ha. japonica-produced HAT/HjFd. It was revealed that substitution of the N-terminal domain of HjFd to that of spinach Fd injured the solubility of HjFd. Thus, it was concluded that the N-terminal domain of HjFd should perform the essential functions for halophilic adaptation from the folding process through the folded state.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».