Cooperative Interactions between the Two DNA Binding Domains of Pax3: Helix 2 of the Paired Domain Is in the Proximity of the Amino Terminus of the Homeodomain
Notice bibliographique
Résumé
Pax3 is a transcription factor that plays an important role during neurogenesis and myogenesis, and Pax3 mutant animals display neural tube defects and lack limb muscles. Pax3 harbors two DNA binding domains, the paired domain (PD) and a paired-type homeodomain (HD). Genetic and biochemical data have (i) identified strong cooperative interactions between the PD and HD domains for DNA binding in the intact Pax3 protein and (ii) suggested an important role for the amino-terminal portions of both domains in such cooperativity. We have studied proximity relationships between the PD and HD of Pax3. For this, we have used a cross-linking strategy with the bifunctional thiol reagent bismaleimidoethane (BMOE) in 21 mutants bearing pairs of cysteine residues (DCM) inserted in strategic locations of a functional Pax3 protein otherwise devoid of endogenous cysteine residues. All 21 DCMs were characterized for protein stability, for DNA binding by the PD and HD, and for the effect of BMOE on protein binding to PD, HD, or PD-HD combined DNA targets. BMOE-induced cross-links in DCMs were detected as slower migrating species on immunoblots. Mutants bearing double cysteine insertions (I59C/S222C, S73C/Q219C, and V78C/K218C) showed the most robust cross-linking upon BMOE exposure. These cross-linking studies suggest that portions of helix 1 (I59), helix 2 (S73), and the loop between helices 2 and 3 (V78) of the PD are in the proximity of the N-terminal segment of the HD (K218, Q219, and S222) in the tertiary structure of Pax3. These results are compatible with a model in which the PD and HD are organized in an everted arrangement, with the N-terminal portion of the PD being in the proximity of the N-terminus of the HD. This arrangement may be important for the noted PD-HD cooperativity in DNA binding.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».