From Cells to Peptides: “One-Stop” Integrated Proteomic Processing Using Amphipols
Notice bibliographique
Résumé
In proteomics, detergents and chaotropes are indispensable for proteome analysis, not only for protein extraction, but also for protein digestion. To increase the protein extraction efficiency, detergents are usually added in the lysis buffer to extract membrane proteins out of membrane structure and to maintain protein in solutions. In general, these detergents need to be removed prior to protein digestion, usually by precipitation or ultrafiltration. Digestion often takes place in the presence of chaotropic reagents, such as urea, which often need to be removed prior to mass spectrometry. The addition and removal of detergents and chaotropes require multiple steps that are time-consuming and can cause sample losses. Amphipols (APols) are a different class of detergents that have physical and solubilization properties that are distinct from conventional detergents. They have primarily been used in protein structure analysis for membrane protein trapping and stabilization. Here, we demonstrate a simple and rapid protocol for total and membrane proteome preparation using APols. We demonstrate that APols added for cell lysis help maintain the proteome in solution, are compatible with protein digestion using trypsin, and can readily be removed prior to mass spectrometry by a one-step acidification and centrifugation. This protocol is much faster, can be performed in a single tube, and can readily replace the conventional detergent/chaotrope approaches for total and membrane proteome analysis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».