An analysis of nucleotide and amino acid variability in the barcode region of cytochrome<i>c</i>oxidase I (<i>cox1</i>) in fishes
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Notice bibliographique
Résumé
Abstract The 655 bp cytochrome c oxidase subunit I barcode region of single specimens of 388 species of fishes (four Holocephali, 61 Elasmobranchii and 323 Actinopterygii) was examined. All but two ( Urolophus cruciatus and Urolophus sufflavus ) showed different cox1 nucleotide sequences (99.5% species discrimination); the two that could not be resolved are suspected to hybridize. Most of the power of cox1 nucleotide sequence analysis for species identification comes from the degenerate nature of the genetic code and the highly variable nature of the third codon position of amino acids. Variation at the third codon position is bimodally distributed, and the more variable mode is dominated by amino acids with four or six codons, while the less variable mode is dominated by amino acids with two codons. The ratio of nonsynonymous to synomymous changes is much less than one, indicating that this gene is subject to strong purifying selection. Consequently, cox1 amino acid sequence diversity is much less than nucleotide sequence diversity and has very poor species resolution power. Fourteen of the 16 amino acid residues recognized as having important functions in the region of cox1 sequenced were completely conserved over all 388 species (and the bovine cox1 sequence), with one fish species varying at one of these sites, and three fish at another site. No significant differences in amino acid conservation were observed between residues in helices, strands and turns. Patterns of nucleotide and amino acid variability were very similar between elasmobranchs and actinopterygians.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle