Relaxation Rates of Degenerate <sup>1</sup>H Transitions in Methyl Groups of Proteins as Reporters of Side-Chain Dynamics
Notice bibliographique
Résumé
Experiments for quantifying the amplitudes of motion of methyl-containing side chains are presented that exploit the rich network of cross-correlated spin relaxation interactions between intra-methyl dipoles in highly deuterated, selectively 13CH2D- or 13CH3-labeled proteins. In particular, the experiments measure spin relaxation rates of degenerate 1H transitions in methyl groups that, for high-molecular-weight proteins, are very simply related to methyl three-fold symmetry axis order parameters. The methodology presented is applied to studies of dynamics in a pair of systems, including the 7.5-kDa protein L and the 82-kDa enzyme malate synthase G. Good agreement between 1H- and 2H-derived measures of side-chain order are obtained on highly deuterated proteins with correlation times exceeding approximately 10 ns (correlation coefficients greater than 0.95). Although 2H- and 13C-derived measures of side-chain dynamics are still preferred, the present work underscores the potential of using 1H relaxation for semiquantitative estimates of methyl side-chain flexibility, while the high level of consistency between the different spin probes of motion establishes the reliability of the dynamics parameters.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».