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Enregistrement W2035542471 · doi:10.1021/pr800174k

Comparative Proteomic Analysis of Matched Primary and Metastatic Melanoma Cell Lines

2008· article· en· W2035542471 sur OpenAlexaff
Mohammad Al-Ghoul, Thomas Brück, Janelle L. Lauer‐Fields, Victor S. Asirvatham, Claudia Zapata, Russell G. Kerr, Gregg B. Fields

Notice bibliographique

RevueJournal of Proteome Research · 2008
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueSignaling Pathways in Disease
Établissements canadiensUniversity of Prince Edward Island
Organismes subventionnairesNational Institute of Biomedical Imaging and BioengineeringNational Cancer Institute
Mots-clésMelanomaProteomicsCell cultureMetastatic melanomaTwo-dimensional gel electrophoresisCancer researchProteomeMetastasisBiologyPathologyMedicineCancerBioinformaticsBiochemistryGeneticsGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Identification of the biochemical pathways involved in the transformation from primary to metastatic melanoma is an area under intense investigation. A 2DE proteomics approach has been applied herein to the matched patient primary and metastatic melanoma cell lines WM-115 and WM-266-4, respectively, to better understand the processes that underlie tumor progression. Image analysis between samples aligned 470 common gel spots. Quantitative gel analysis indicated 115 gel spots of greater intensity in the metastatic line compared with the primary one, leading to the identification of 131 proteins via database searching of nano-LC-ESI-Q-TOF-MS/MS data. This more than tripled the number of proteins previously shown to be of higher abundance during melanoma progression. Also observed were 22 gel spots to be of lesser intensity in the metastatic line with respect to the primary one. Of these gel spots 15 proteins could be identified. Numerous proteins from both groups had not been reported previously to participate in melanoma progression. Further analysis of one protein, cyclophilin A, confirmed that this protein is expressed at higher levels in metastatic melanoma compared with primary melanoma and normal fibroblasts. Overall, this study expands our knowledge of protein modulation during melanoma stages, and suggests new targets for inhibitor development.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,012
Score d'incertitude au seuil0,372

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,096
Tête enseignante GPT0,375
Écart entre enseignants0,279 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations44
Publié2008
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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