Identification of novel genes involved in DNA damage response by screening a genome-wide Schizosaccharomyces pombe deletion library
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: DNA damage response (DDR) plays pivotal roles in maintaining genome integrity and stability. An effective DDR requires the involvement of hundreds of genes that compose a complicated network. Because DDR is highly conserved in evolution, studies in lower eukaryotes can provide valuable information to elucidate the mechanism in higher organisms. Fission yeast (Schizosaccharomyces pombe) has emerged as an excellent model for DDR research in recent years. To identify novel genes involved in DDR, we screened a genome-wide S. pombe haploid deletion library against six different DNA damage reagents. The library covered 90.5% of the nonessential genes of S. pombe. RESULTS: We have identified 52 genes that were actively involved in DDR. Among the 52 genes, 20 genes were linked to DDR for the first time. Flow cytometry analysis of the repair defective mutants revealed that most of them exhibited a defect in cell cycle progression, and some caused genome instability. Microarray analysis and genetic complementation assays were carried out to characterize 6 of the novel DDR genes in more detail. Data suggested that SPBC2A9.02 and SPAC27D7.08c were required for efficient DNA replication initiation because they interacted genetically with DNA replication initiation proteins Abp1 and Abp2. In addition, deletion of sgf73+, meu29+, sec65+ or pab1+ caused improper cytokinesis and DNA re-replication, which contributed to the diploidization in the mutants. CONCLUSIONS: A genome-wide screen of genes involved in DDR emphasized the key role of cell cycle control in the DDR network. Characterization of novel genes identified in the screen helps to elucidate the mechanism of the DDR network and provides valuable clues for understanding genome stability in higher eukaryotes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».