Research Resource: Interactome of Human Embryo Implantation: Identification of Gene Expression Pathways, Regulation, and Integrated Regulatory Networks
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
A prerequisite for successful embryo implantation is adequate preparation of receptive endometrium and the establishment and maintenance of a viable embryo. The success of implantation further relies upon a two-way dialogue between the embryo and uterus. However, molecular bases of these preimplantation and implantation processes in humans are not well known. We performed genome expression analyses of human embryos (n = 128) and human endometria (n = 8). We integrated these data with protein-protein interactions in order to identify molecular networks within the endometrium and the embryo, and potential embryo-endometrium interactions at the time of implantation. For that, we applied a novel network profiling algorithm HyperModules, which combines topological module identification and functional enrichment analysis. We found a major wave of transcriptional down-regulation in preimplantation embryos. In receptive-stage endometrium, several genes and signaling pathways were identified, including JAK-STAT signaling and inflammatory pathways. The main curated embryo-endometrium interaction network highlighted the importance of cell adhesion molecules in the implantation process. We also identified cytokine-cytokine receptor interactions involved in implantation, where osteopontin (SPP1), leukemia inhibitory factor (LIF) and leptin (LEP) pathways were intertwining. Further, we identified a number of novel players in human embryo-endometrium interactions, such as apolipoprotein D (APOD), endothelin 1 (END1), fibroblast growth factor 7 (FGF7), gastrin (GAST), kringle containing trnasmembrane protein 1 (KREMEN1), neuropilin 1 (NRP1), serpin peptidase inhibitor clade A member 3 (SERPINA3), versican (VCAN), and others. Our findings provide a fundamental resource for better understanding of the genetic network that leads to successful embryo implantation. We demonstrate the first systems biology approach into the complex molecular network of the implantation process in humans.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle