Analysis of enriched transcripts induced during velvetleaf -<i>Colletotrichum coccodes</i>interaction
Notice bibliographique
Résumé
We used suppression subtractive hybridization (SSH) and differential screening (DS) to generate cDNA libraries enriched for up-regulated host and pathogen genes following inoculation of velvetleaf leaves with the mycoherbicide Colletotrichum coccodes. A total of 116 expressed sequence tags (EST), representing preferentially expressed genes, were analyzed, of which 89 sequences were assigned putative functions including transcription and translation, energy, cell growth and maintenance, and oxidative stress and defense. The EST sequences were assembled into 20 contigs and 29 singletons/singlets. Except for contig 26 that had the highest hit to fungal Histone 4, all other sequences had top hits to plant sequences. Genes related to oxidative stress and defense formed the largest category corresponding to nine contigs and three singlets (or 48% of the ESTs). The metallothioneins (MT) type 3 proteins were represented by six contigs, three singletons, and two singlets. We also identified genes for the ethylene response element binding (EREB) protein, WRKY, and bZIP proteins, which are likely to play roles in transcription, as well as genes for proteins such as ascorbate peroxidase and reticuline oxidase. The up-regulation of seven selected genes were validated by quantitative real-time PCR. Relative to uninfected velvetleaf leaves, these genes were significantly induced by the presence of C. coccodes on velvetleaf leaves.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».