Monomeric site-specific nucleases for genome editing
Notice bibliographique
Résumé
Targeted manipulation of complex genomes often requires the introduction of a double-strand break at defined locations by site-specific DNA endonucleases. Here, we describe a monomeric nuclease domain derived from GIY-YIG homing endonucleases for genome-editing applications. Fusion of the GIY-YIG nuclease domain to three-member zinc-finger DNA binding domains generated chimeric GIY-zinc finger endonucleases (GIY-ZFEs). Significantly, the I-TevI-derived fusions (Tev-ZFEs) function in vitro as monomers to introduce a double-strand break, and discriminate in vitro and in bacterial and yeast assays against substrates lacking a preferred 5'-CNNNG-3' cleavage motif. The Tev-ZFEs function to induce recombination in a yeast-based assay with activity on par with a homodimeric Zif268 zinc-finger nuclease. We also fused the I-TevI nuclease domain to a catalytically inactive LADGLIDADG homing endonuclease (LHE) scaffold. The monomeric Tev-LHEs are active in vivo and similarly discriminate against substrates lacking the 5'-CNNNG-3' motif. The monomeric Tev-ZFEs and Tev-LHEs are distinct from the FokI-derived zinc-finger nuclease and TAL effector nuclease platforms as the GIY-YIG domain alleviates the requirement to design two nuclease fusions to target a given sequence, highlighting the diversity of nuclease domains with distinctive biochemical properties suitable for genome-editing applications.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».