Minimal Diversity of Drug-Resistant<i>Mycobacterium tuberculosis</i>Strains, South Africa1
Notice bibliographique
Résumé
Multidrug- (MDR) and extensively drug-resistant tuberculosis (XDR TB) are commonly associated with Beijing strains. However, in KwaZulu-Natal, South Africa, which has among the highest incidence and mortality for MDR and XDR TB, data suggest that non-Beijing strains are driving the epidemic. We conducted a retrospective study to characterize the strain prevalence among drug-susceptible, MDR, and XDR TB cases and determine associations between strain type and survival. Among 297 isolates from 2005-2006, 49 spoligotype patterns were found. Predominant strains were Beijing (ST1) among drug-susceptible isolates (27%), S/Quebec (ST34) in MDR TB (34%) and LAM4/KZN (ST60) in XDR TB (89%). More than 90% of patients were HIV co-infected. MDR TB and XDR TB were independently associated with mortality, but TB strain type was not. We conclude that, although Beijing strain was common among drug-susceptible TB, other strains predominated among MDR TB and XDR TB cases. Drug-resistance was a stronger predictor of survival than strain type.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».