Characterization of the lipopolysaccharide produced by Pasteurella multocida serovars 6, 7 and 16: Identification of lipopolysaccharide genotypes L4 and L8
Notice bibliographique
Résumé
Pasteurella multocida is an important veterinary pathogen that produces a wide range of lipopolysaccharide (LPS) structures, many of which mimic host glycoproteins. In this study, we complete our analysis of the LPS produced by the P. multocida Heddleston serovars by reporting the LPS structure and the LPS outer core biosynthesis loci of the type strains representing Heddleston serovars 6, 7 and 16. Genetic analysis revealed that the type strains representing serovars 6 and 7 share the same LPS outer core biosynthesis locus which we have designated LPS genotype L4. Comparative bioinformatic analysis revealed that although the serovar 16 type strain contained a different LPS locus, L8, there was a significant degree of nucleotide identity between the L4 and L8 loci. Structural analysis revealed that the LPS glycoforms produced by the L4 and L8 strains all contained the highly conserved inner core produced by all other P. multocida strains examined to date. The residues within the LPS outer core produced by the L4 and L8 strains were either Gal or derivatives of Gal; unlike all other P. multocida Heddleston type strains examined there are no heptosyltransferases encoded in the L4 and L8 outer core biosynthesis loci. The structure of the L4 LPS outer core produced by the serovar 6 type strain consisted of β-Gal-(1-3)-β-N-acetylgalactosamine (GalNAc)-(1-4)-β-GalNAc3OAc-(1-4)-α-GalNAc3OAc-(1-3)-β-Gal, whereas the serovar 7 type strain produced a highly truncated LPS outer core containing only a single β-Gal residue. The structure of the L8 LPS outer core produced by the serovar 16 type strain consisted of β-Gal-(1-3)-β-GalNAc-(1-4)-(α-GalNAc-(1-3)-)-α-GalNAc.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».