Transcriptomic signature to oxidative stress exposure at the time of embryonic genome activation in bovine blastocysts
Notice bibliographique
Résumé
In order to understand how in vitro culture affects embryonic quality, we analyzed survival and global gene expression in bovine blastocysts after exposure to increased oxidative stress conditions. Two pro-oxidant agents, one that acts extracellularly by promoting reactive oxygen species (ROS) production (0.01 mM 2,2'-azobis (2-amidinopropane) dihydrochloride [AAPH]) or another that acts intracellularly by inhibiting glutathione synthesis (0.4 mM buthionine sulfoximine [BSO]) were added separately to in vitro culture media from Day 3 (8-16-cell stage) onward. Transcriptomic analysis was then performed on resulting Day-7 blastocysts. In the literature, these two pro-oxidant conditions were shown to induce delayed degeneration in a proportion of Day-8 blastocysts. In our experiment, no morphological difference was visible, but AAPH tended to decrease the blastocyst rate while BSO significantly reduced it, indicating a differential impact on the surviving population. At the transcriptomic level, blastocysts that survived either pro-oxidant exposure showed oxidative stress and an inflammatory response (ARRB2), although AAPH induced higher disturbances in cellular homeostasis (SERPINE1). Functional genomics of the BSO profile, however, identified differential expression of genes related to glycine metabolism and energy metabolism (TPI1). These differential features might be indicative of pre-degenerative blastocysts (IGFBP7) in the AAPH population whereas BSO exposure would select the most viable individuals (TKDP1). Together, these results illustrate how oxidative disruption of pre-attachment development is associated with systematic up-regulation of several metabolic markers. Moreover, it indicates that a better capacity to survive anti-oxidant depletion may allow for the survival of blastocysts with a quieter metabolism after compaction.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».