Molecular Dynamics Simulations of the Apo-, Holo-, and Acyl-forms of Escherichia coli Acyl Carrier Protein
Notice bibliographique
Résumé
Acyl carrier protein (ACP) is an essential co-factor protein in fatty acid biosynthesis that shuttles covalently bound fatty acyl intermediates in its hydrophobic pocket to various enzyme partners. To characterize acyl chain-ACP interactions and their influence on enzyme interactions, we performed 19 molecular dynamics (MD) simulations of Escherichia coli apo-, holo-, and acyl-ACPs. The simulations were started with the acyl chain in either a solvent-exposed or a buried conformation. All four short-chain (< or = C10) and one long-chain (C16) unbiased acyl-ACP MD simulation show the transition of the solvent-exposed acyl chain into the hydrophobic pocket of ACP, revealing its pathway of acyl chain binding. Although the acyl chain resides inside the pocket, Thr-39 and Glu-60 at the entrance stabilize the phosphopantetheine linker through hydrogen bonding. Comparisons of the different ACP forms indicate that the loop region between helices II and III and the prosthetic linker may aid in substrate recognition by enzymes of fatty acid synthase systems. The MD simulations consistently show that the hydrophobic binding pocket of ACP is best suited to accommodate an octanoyl group and is capable of adjusting in size to accommodate chain lengths as long as decanoic acid. The simulations also reveal a second, novel binding mode of the acyl chains inside the hydrophobic binding pocket directed toward helix I. This study provides a detailed dynamic picture of acyl-ACPs that is in excellent agreement with available experimental data and, thereby, provides a new understanding of enzyme-ACP interactions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».