Is RNA editing implicated in group II intron survival in the angiosperm mitochondrial genome?
Notice bibliographique
Résumé
Introns may be considered as optional because they are removed from mRNA molecules, but introns are fairly preserved for unknown reasons. Previously, the mitochondrial rps3 gene of sugar beet ( Beta vulgaris L., Caryophyllales) was shown to represent a unique example of an intron loss. We have determined the distribution of the rps3 intron in 19 Caryophyllalean species. The intron was absent from the Amaranthaceae and the Achatocarpaceae. In the Caryophyllaceae, Dianthus japonicus rps3 was pseudogenized, but the intronic sequence was retained. Intact intron-bearing rps3 copies were cloned from Portulaca grandiflora and Myrtillocactus geometrizans , members of the sister clade of the Amaranthaceae-Achatocarpaceae-Caryophyllaceae clade. Most of the C-to-U RNA-editing sites in P. grandiflora and M. geometrizans rps3 transcripts were homologous in the two species, as well as in the sugar beet rps3, which, unlike the other 12 rps3 transcripts, lacks editing in the exonic regions around the intron. Provided that the loss of editing preceded the loss of rps3 intron, it appears conceivable that a requirement for editing could have prevented the loss of group II introns retained in angiosperm mitochondrial genomes. This interpretation is an alternative to the conventional one that views the loss of editing as a mere trace of RNA-mediated gene conversion.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».